استقلال قهرمان لیگ برتر نشد و همین مسئله شرایط را برای فوران کردن آتشفشان اختلافات داخلی و مدیریتی در جمع آبی‌پوشان فراهم کرد. علیرضا خانی در مصاحبه‌ای آتشین پرده از مسائل بسیاری را برداشت و مشخص شد طی روزهای برگزاری لیگ بیست و سوم استقلال چه ماجراهای مدیریتی را در خود می‌دید.
در همین رابطه اطلاعاتی پیرامون ماجرایی به دست آوردیم که البته ایده آن مطرح شد ولی جنبه اجرایی به خود نگرفت چون اگر چنین اتفاقی رخ می‌داد، بدون شک چیزی فراتر از انفجار در استقلال به وقوع می‌پیوست و پای جواد نکونام هم به میان می‌آمد. از قرار معلوم در اواخر فصل تابستان و اوایل پاییز هنگامی که اختلافات میان جواد نکونام و علی خطیر با وجود آشتی دادن آنها توسط علیرضا دبیر همچنان پابرجا باقی مانده و کار دوباره به رسانه‌ها کشیده شده بود، یکی از اعضای هیئت مدیره باشگاه استقلال (که حالا دیگر سمتی در این باشگاه ندارد) نزد علی خطیر رفته و با گلایه از جواد نکونام پیرامون مصاحبه‌هایی که علیه کادر مدیریتی باشگاه استقلال انجام داده است، از مدیر عامل وقت استقلال خواست سرمربی تیم را ۱۰ درصد جریمه کند. علی خطیر اما زیر بار این قضیه نرفت و مدعی شد نکونام چند بار علیه خود او (خطیر) حرف زده و باشگاه واکنشی نشان نداد چون تضعیف کردن جواد نکونام و پایین آوردن تمرکز او را به منزله فراهم شدن شرایطی برای ورود تیم استقلال به بحران می‌داند و به هیچ عنوان نمی‌خواهد چنین اتفاقی رخ بدهد چون در نهایت این نکونام است که باید از لب خط استقلالی‌ها را هدایت کند و باشگاه با وجود همه مصاحبه‌های تند جواد، نباید در این برهه با سرمربی تقابل داشته باشد.
خطیر همچنین توضیح داد که نکونام چند بار علیه مدیرعامل مصاحبه کرده ولی فقط یک بار سایر ارکان مدیریتی باشگاه را به انتقاد گرفته است بنابراین باید از کنار ماجرا با خویشتن داری عبور کرد ولی وقتی اصرار عضو هیئت مدیره مبنی بر جریمه ۱۰ درصدی نکونام را دید، زیر بار آن نرفت و گفت این مسئله را در هیئت مدیره مطرح و مصوب کنند. اگر اعضای هیئت مدیره آن را تصویب کرده و به صورت مکتوب و با امضای خود  ابلاغ کنند، تحت عنوان مدیرعامل مجری تصمیم هیئت مدیره است ولی اگر بخواهند جواد نکونام مستقیم و  با استفاده از اختیارات مدیرعاملی جریمه شود، قطعاً چنین کاری را انجام نمی‌دهد چون در تیم جنجال می‌شود و علاوه بر آن، با وجود مصاحبه‌های تند نکونام، خطیر معتقد بود در این مقطع جریمه کردن سرمربی به استقلال لطمه می‌زند. عضو سابق هیئت مدیره استقلال در آن جلسه از خطیر خیلی ناراحت شد ولی در نهایت طرح جریمه شدن نکونام منتفی گردید تا استقلال از یک جنجال خیلی بزرگ نجات پیدا کند.
بیشتر بخوانید: نکونام ماندنی است؟ اسم‌هایی که برای هدایت استقلال شنیده می‌شوند!